民國34年政府僅於臺北市設立臺灣高等法院暨檢察處，管轄臺灣地區第一審上訴之民、刑事案件。西南部之訴訟當事人長途跋涉，至感不便。司法行政部基於事實需要，於民國36年核准在臺南市設立臺灣高等法院第一分院暨檢察處。管轄範圍包括嘉義（含雲林地區）、臺南、高雄（含屏東、澎湖地區）三個地方法院檢察處。民國69年7月1日院檢分隸，檢察機關隸屬於行政院之法務部，民國79年2月1日成立臺灣高等法院高雄分院檢察署，並於107年5月25日更名為臺灣高等檢察署高雄檢察分署，計轄：高雄、橋頭、屏東及澎湖四個地方檢察署，管轄區域包含：高雄市、屏東縣市及澎湖縣。

本署第一任檢察長為金淵潔先生；其後在歷任檢察長領導下，勵精圖治、革新業務，為維護社會治安之使命盡心竭力。擇於89年7月7日成立特偵組，統合檢、警、調的力量，強力打擊不法犯罪，伸張公平正義，迄至96年4月25日，特偵組完成階段使命，裁撤歸置最高法院檢察署。

檢察官代表國家行使犯罪追訴權及刑罰執行權，與其他法令所定職務之執行，負有維護國家安全、社會安定、保障人民權益之責任。本署自成立以來，無時不思以迅速、合法、妥適的方法執行職務，在多位前任檢察長暨現任檢察長努力領導之下，全體同仁同心協力，全力以赴，發揮團隊精神，各項業務均在穩定中順利推展，尤其是檢察業務方面之績效，結案速度和準確度，均有良好績效，充分發揮二審檢察功能，貫徹民主法治的精神。